土地を2000万円で売却した時の税金はいくら？控除や計算方法も

譲渡所得税（住民税・所得税）

譲渡所得税は、土地の売却によって得られた「譲渡所得」に対して課される主要な税金です。譲渡所得は、売却価格から取得費および譲渡費用を差し引いた「利益部分」に相当します。この所得に対して、所得税・住民税・復興特別所得税の3つが課税されます。特に所有期間が5年を境に税率が大きく変わるため、売却時期の見極めは税負担を左右する重要なポイントです。

課税方式は「分離課税」が採用されており、他の所得とは合算されません。これにより、譲渡所得が一時的に高額であっても、他の所得の税率に影響を及ぼしません。また、短期譲渡は長期譲渡のほぼ2倍の税率となるため、所有期間が5年を超えてから売却するだけで大幅な節税が可能です。所有期間は「売却年の1月1日時点」で判定される点にも注意が必要です。

監修者コメント

譲渡所得税の根拠は、所得税法第33条・第35条に明示されており、分離課税として扱われる点は同法第92条にも記載されています。

復興特別所得税は、租税特別措置法附則第104条に基づき、2013年～2037年まで適用されています。不動産業界では「1月1日をまたぐと税率が変わる」ことを前提に、売却タイミングの調整を提案するのが一般的です。

印紙税

土地の売却時に作成される売買契約書には、一定額の「印紙税」がかかります。この税金は、契約書という文書そのものに対して課されるものであり、売却価格に応じた定額の課税が行われます。たとえば、2,000万円で土地を売却する場合、契約書の金額区分は「1,000万円超〜5,000万円以下」に該当します。

印紙税は、売主と買主で折半することもありますが、実務上は売主負担とするケースが多く見られます。また、電子契約であれば印紙税が非課税になるため、節税手段としても注目されています。

監修者コメント

根拠は印紙税法別表第一に記載されています。

さらに、電子契約についてはタックスアンサーNo.7140で非課税と明記されています。

不動産業界では、紙の契約書を避け、電子契約を活用することで印紙税1万円を削減する事例が増加しています。

登録免許税

登録免許税は、不動産の登記情報を変更する際に課される税金です。土地売却時には、売主が住宅ローン完済済みであっても、抵当権が登記簿に残っている場合は「抵当権抹消登記」が必要となり、その際に課税されます。

抹消登記は司法書士に依頼することが多く、税額のほかに報酬が発生します。手続きの遅延を防ぐためにも、事前に登記内容の確認を行っておくことが望まれます。

監修者コメント

登録免許税に関する法的根拠は登録免許税法第9条です。売却前に登記事項証明書を取得し、抵当権の有無を確認するのは不動産実務の基本です。

長期譲渡所得の場合

土地を5年超保有したうえで売却した場合、譲渡所得は「長期譲渡所得」として扱われます。この区分になると、税率は短期の場合よりも大幅に低く抑えられ、税負担が軽減されるのが特徴です。判定基準は売却日ではなく「売却年の1月1日時点で所有期間が5年を超えているかどうか」です。したがって、実際の保有年数に誤解がないよう注意が必要です。

長期譲渡所得が適用されるか否かは、売却のタイミング次第で数十万円以上の納税差を生みます。たとえば、2020年3月に取得した土地は、2025年1月1日時点でまだ4年10か月しか経過しておらず、たとえ8月に売却しても「短期扱い」となります。税率を抑えたいなら、年明けの売却にずらす判断も有効です。

監修者コメント

長期譲渡所得の定義と税率は、国税庁タックスアンサーNo.3180に明確に記載されており、所有期間が5年を超えているか否かで、税率が20.315%または39.63%と大きく変わります。

この「5年超」の判定基準日が売却年の1月1日時点であることは、納税者の間でも誤解されやすいポイントのひとつです。

税理士などの専門家の間では「1月1日をまたぐことで長期譲渡に切り替わる」ケースは、顧客への売却タイミングの見直し提案として非常に一般的です。

特に12月売却を検討している場合、あえて年をまたいで1月に売却することで、税負担が半額近くまで下がることが多く、相談段階で重要な判断材料となります。

また、長期譲渡所得は、後述の「軽減税率の特例」や「3,000万円特別控除」との組み合わせによって、さらなる節税が可能になるため、所有期間のチェックは節税の出発点とも言える要素です。

短期譲渡所得の場合

土地を取得してから5年以内に売却すると、その譲渡益は「短期譲渡所得」に分類されます。短期の場合、税率が高く設定されており、譲渡所得に対して最大で約40%の税負担となるのが特徴です。売却タイミングによって「長期」と「短期」が分かれるため、保有年数が5年に近い場合は判断を慎重に行う必要があります。

短期譲渡所得に該当するかどうかの分かれ目は、「取得日」と「売却年の1月1日」との関係で決まります。仮に土地を2019年2月に購入し、2024年12月に売却したとしても、2024年1月1日時点で5年未満であれば短期に該当します。長期譲渡に切り替えるだけで税率が約半分になるため、売却時期の調整は重要な節税戦略となります。

監修者コメント

短期譲渡所得の税率は、国税庁タックスアンサー No.3180において、39.63％（所得税＋住民税＋復興特別所得税）と明示されています。

この高い税率は、短期間で不動産を転売し、短期的な利益を得る行為に対する税制上の抑制措置ともいえます。

不動産実務の現場では、短期譲渡に該当する場合、予定よりも売却時期を1～2ヶ月ずらすことで長期譲渡に切り替える提案が行われるのが一般的です。

特に、税負担が売却益の4割近くになるケースでは、税引き後の利益が大きく減るため、相談時点で「所有期間をクリアする日」を逆算して助言されることも少なくありません。

また、短期譲渡所得に該当する場合は、後述する軽減税率の特例や3,000万円特別控除の適用対象外となることが多いため、単なる税率の違い以上に影響が広がる点にも注意が必要です。

自宅を解体して土地を売る場合

居住用住宅を取り壊して更地として土地を売却するケースでは、譲渡所得税の課税に関して注意点があります。とくに重要なのは「3,000万円特別控除」などの特例が適用されるかどうかです。建物を解体した場合でも、要件を満たせば控除対象となる可能性がありますが、一定の期限や利用状況に制限があるため、慎重な判断が求められます。

自宅を更地にして売却する際、たとえ家を取り壊していても「居住していたことの実態」や「解体から売却までの期間」が特例適用の分かれ目になります。また、解体後に一時的に貸し出す・駐車場として利用するなどの行為があった場合、控除対象外となる恐れもあります。特例の恩恵を受けるには、事前のスケジュール設計が極めて重要です。

監修者コメント

このケースに該当する特例は、国税庁タックスアンサー No.3302にて詳しく説明されており、取り壊し後でも「引き続き居住用財産の敷地」として見なされれば、3,000万円特別控除の対象となります。

実務では、不動産会社や税理士が「解体後1年以内の売却契約」と「他用途に供していない証明（例：賃貸契約がないこと）」の確認を入念に行います。

特に注意したいのが、短期間でも駐車場として活用してしまった場合に控除が否認されるケースです。国税の調査でも指摘されやすいポイントであり、納税者本人が「使っていないつもり」でも、看板や整地跡から使用実態を推測されることもあります。

解体後の敷地を第三者に貸さない、立ち入り制限をかけるなど、「利用実態がない状態を維持する工夫」も大切です。

取得費が不明な場合

土地の購入時期が古かったり、相続で取得した場合などには「取得費」が分からないケースがあります。このような場合、税法上は「概算取得費」として売却額の5％を取得費とみなすことが認められています。

ただし、実際の取得費が高かったにもかかわらずこの簡易ルールを使ってしまうと、譲渡所得が大きくなり、結果として納税額が増えるというリスクがあります。

このように、取得費の証明ができないだけで納税額が倍増するケースもあります。売買契約書や領収書が見つからなくても、預金通帳の記録、ローン返済履歴、登記簿の記載など、補助的な資料で取得費を推認できることがあります。専門家の協力を得ながら、実額取得費の立証を試みることが、節税への第一歩といえるでしょう。

監修者コメント

「取得費が不明な場合は売却額の5％を取得費として計上できる」というルールは、国税庁タックスアンサー No.3258によって明示されています。

ただし、これはあくまで取得費を証明できないときの救済措置であり、原則は実額での計上が基本です。

税理士実務では、概算取得費の適用が極めて不利になることを前提に、顧客に対して「資料発掘の努力」を強く勧めるのが通例です。たとえば、30年前に購入した不動産の売却で契約書を紛失しているケースでも、当時の金融機関の融資資料や通帳コピー、税務署への申告書控えなどを根拠に『推定取得費』として実額を主張する方法が採られることがあります。

実際、取得費が正しく認定されるかどうかで、譲渡所得税額が100万円以上変わることも少なくありません。資料が一部でも残っていれば、税理士に相談することで有利な判断が得られる可能性があります。

居住用財産の3,000万円特別控除

土地と建物をマイホームとして使用していた場合、「居住用財産の3,000万円特別控除」が適用される可能性があります。この制度は、譲渡所得から最大3,000万円を差し引ける非常に強力な控除です。売却益が3,000万円以下であれば、課税対象がゼロとなり、譲渡所得税も発生しません。ただし、利用には一定の要件があり、すべての売却に自動的に適用されるわけではありません。

この控除は、売却益が出た場合だけでなく、売却損が出る可能性のある取引でも検討する価値があります。なお、建物を解体して更地として売却する場合でも、解体から1年以内であり、他用途に転用していなければ適用対象となります。条件を満たせば、最も実用性が高く、多くの売主が恩恵を受けられる制度といえるでしょう。

監修者コメント

この特例は、所得税法第35条第1項および租税特別措置法第31条の3に基づく制度です。

不動産業界では、売主がこの特例の存在を知らず、税額がゼロにできるにもかかわらず申告しないまま確定申告を済ませてしまうケースも見受けられます。控除の適用は申告が前提条件であるため、「税金がかからないなら申告も不要」と誤解しないことが非常に重要です。

空き家の3,000万円特別控除

相続により取得した空き家とその土地を売却した場合、「被相続人の居住用財産（空き家）に係る3,000万円特別控除」が適用できる可能性があります。この特例は、亡くなった親などが住んでいた旧耐震基準の住宅を相続し、一定の条件下で売却する際に譲渡所得から最大3,000万円を控除できるものです。相続人が住んでいなかったことや、売却までの期間など複数の要件がある点に注意が必要です。

従来は、相続人が売却前に建物を解体または耐震改修する必要がありましたが、令和6年1月1日以降の譲渡からは、買主側が売却後に改修を行っても特例が認められるよう要件が緩和されました。空き家の利活用を促進する政策的背景もあり、該当する可能性がある方は、制度の詳細を確認し積極的に活用を検討するとよいでしょう。

監修者コメント

令和5年度の税制改正により、2024年（令和6年）以降の譲渡については、これまで必須だった「売却前の耐震改修または解体」が不要となり、買主が売却後に改修等を行えば控除の対象とするという大幅な要件緩和が実現しました。

この特例は高齢化・空き家対策という政策的背景から設けられたものですが、形式的なミスや不正確な申告で後から控除が取り消されるリスクもあるため、必ず専門家と相談のうえで進めることが推奨されます。

その他の控除・軽減措置

居住用財産や空き家特例のほかにも、土地売却に関してはさまざまな控除・軽減措置が設けられています。適用対象は限られますが、特定の条件に当てはまる場合には大幅な税負担の軽減が可能です。たとえば、公共事業や都市整備事業に伴う売却、あるいは活用されていない土地の売却などが挙げられます。該当するかどうかの確認が重要です。

これらの制度は、基本的に「条件付きの特例」として扱われます。利用可能かどうかは、売却の相手先や土地の利用状況、売買価格などの要素に依存するため、自治体や税務署、専門家との事前相談が不可欠です。適用されれば非常に大きな控除効果があるため、該当の可能性があれば必ず検討しておきたい項目です。

監修者コメント

取得費加算の特例は、租税特別措置法第39条を根拠としており、相続税を納めた場合に限って、相続税の一部を土地の取得費に加算できます。これにより譲渡所得を圧縮できるため、相続直後の売却では必ず検討すべき制度です。
低未利用地の100万円控除は、都市計画区域内に所在する土地の有効活用を促す政策として導入されました。