500万円で土地を売ったときの税金はいくら？計算方法やシミュレーション・節税対策を徹底解説

500万円で土地を売った時の税金の種類

土地を500万円で売却する際には、譲渡所得税のほかにも見落としやすい税金や費用があります。

譲渡所得税・住民税

土地売却でもっとも大きな出費なのが、売却益にかかる譲渡所得（所得税・住民税）です。この税金は土地の所有期間によって税率がガラリと変わります。

「国税庁」のタックスアンサーでは、譲渡所得税は所有期間が5年以下の「短期譲渡」なら所得税と住民税を合わせた税率は39.63%です。

対して、5年を超えた「長期譲渡」になれば20.315%まで下がります。税負担が約半分になるため、あと少しで5年なら待つなど、売却時期の判断は非常に重要です。

なお、税金がかかるのは「売却額－（取得費＋経費）」で計算してプラスになった場合のみ。利益が出ていなければ課税はされないので、売却時期と計算方法を正しく理解するのが重要です。

印紙税

売買契約書を交わす際、忘れてはならないのが「印紙税」です。印紙税法では、印紙税は契約金額に応じた収入印紙を契約書に貼付して納める国税で、売買金額によって税額が決まります。

例えば500万円の土地売却の場合、本則税率では2,000円です。しかし、2027年3月31日までは軽減税率が適用され、1,000円で済みます。

契約書は売主用・買主用として2通作成するのが一般的で、その場合はそれぞれの契約書に収入印紙が必要です。

印紙代は「自分の手元に残る契約書分を各自が負担する」形が一般的とされています。

登録免許税（抵当権抹消）

住宅ローンを組んで土地を購入した場合、土地には抵当権が設定されています。売却する際はこの抵当権を外す必要があり、登録免許税がかかります。

登録免許税法(別表第一)によると、抵当権抹消登記の税額は不動産1筆につき1,000円です。土地と建物の両方に抵当権がついている場合は、合計で2,000円になります。

手続きは司法書士に頼むのが一般的です。登録免許税のほかに司法書士報酬として1万5,000円〜3万円程度かかります。

ただし、現金で購入した土地には抵当権がついていないため、この費用は不要です。​​​​​​​​​​​​​​​​

500万円で土地を売った時の税額シミュレーション

実際に500万円で土地を売却すると、税金はいくらかかるのでしょうか。取得費の有無や所有期間によって税額は大きく変わります。

ここでは3つの代表的なケースを具体的に計算してみましょう。

取得費不明で長期譲渡所得の場合

相続した土地など購入時の資料が残っていない場合、国税庁によると概算取得費(売却価格×5%)を使って計算できます。500万円で売却した場合、取得費は25万円(500万円×5%)です。

譲渡費用を仲介手数料などで20万円とすると、譲渡所得は「500万円−(25万円+20万円)=455万円」となります。

所有期間が5年超の長期譲渡所得なら税率20.315%が適用されます。

取得費が低いため売却価格のほぼ全額が課税対象となります。取得費を証明できる資料があれば税額を大きく抑えられる可能性があるため、売却前に必ず確認しておきましょう。

取得費不明で短期譲渡所得の場合

国税庁によると、土地の所有期間が5年以下の場合は短期譲渡所得となり、税率が高くなります。

同じく取得費不明で譲渡所得が455万円の場合でも、所有期間が5年以下の場合は短期譲渡所得となり、税率は39.63％が適用されます。この場合、税額は約180万円となります。

税額は「455万円×39.63%=約180万3,000円(所得税約139万4,000円、住民税約41万円)」となり、長期譲渡所得の約92万4,000円と比べると、約88万円も税負担が増える計算です。

500万円で売却しても、税金だけで約180万円です。譲渡費用20万円を含めると約200万円が引かれ、手取りは約300万円まで減ります。

所有期間の違いで税率が2倍近く変わるため、5年以下での売却は慎重な判断が必要です。

取得費300万円で長期譲渡所得の場合

購入時の契約書が残っており取得費300万円(購入代金280万円、仲介手数料15万円、測量費5万円など)が証明できる場合を見てみましょう。

譲渡費用を20万円とすると、譲渡所得は「500万円−(300万円+20万円)=180万円」です。

長期譲渡所得の税率20.315%を適用すると、税額は「180万円×20.315%=約36万6,000円(所得税約27万6,000円、住民税9万円)」となります。

取得費不明のケース(約92万4,000円)と比較すると約56万円も税負担が軽くなる計算です。取得費を正確に証明できれば大幅な節税が可能なため、古い資料でも探す価値は十分にあります。​​​​​​​​​​​​​​​​

取得費が不明な場合の対処法

相続した土地が古くに購入されたものである場合は、取得費がわからないケースもあります。ここでは取得費不明の場合に使える4つの対処法を解説していきます。

概算取得費を使う

国税庁によると、取得費がわからない場合や実際の取得費が売却価格の5%より少ない場合は、概算取得費として売却価格の5%を取得費とすることができます。

500万円で売却するなら25万円を取得費として使える計算です。

税務署は「取得費が証明できないと概算取得費を使うしかない」立場なので、まずは購入時の資料を徹底的に探すのが先決です。

概算取得費は本当に資料が見つからない場合の最終手段と考えましょう。

購入時の契約書や領収書を探す

国税庁の案内でも、取得費を証明するには当時の契約書や領収書を提出することとされています。

金庫や書類棚はもちろん、意外と仏壇の引き出しや倉庫の奥などに眠っている場合もあります。相続物件なら、実家の捜索も欠かせません。

もし手元になくても、当時の仲介業者や司法書士が控えを保管している可能性があるので、問い合わせてみるのが得策です。

紙切れが一枚見つかるだけで税額が数百万円変わる場合もありますので、諦めずに徹底的に探しましょう。

通帳記録や住宅ローン記録から推定する

契約書をなくした場合でも、諦める必要はありません。

実は契約書がなくても、通帳などの記録で取得費を説明できれば、認められる場合があります。

例えば、当時の通帳にある「○○不動産」への振込や「頭金」の出金記録や住宅ローンの契約書（金銭消費貸借契約書）などが、購入価格を裏付ける強力な証拠になります。

通帳が手元になくても、銀行に依頼すれば過去の取引履歴を出してもらえるケースがほとんどです。また、登記簿上の「抵当権設定額」から、当時の価格を逆算する方法もあります。

ただし、あくまで状況証拠です。自己判断せず、税理士に相談しながら進めるのが確実です。

不動産鑑定士や税理士に相談する

取得費の計算は判断が難しいため、自分一人で抱え込まず、専門家の力を借りるのも賢い方法です。

不動産鑑定士なら取得費を推計し、税理士なら手持ち資料から経費を最大限に洗い出し、税務署への説明までカバーしてくれます。

特に売却益が大きくなりそうな場合は、確定申告の直前になって慌てないよう、早めに相談することをおすすめします。

500万円で土地を売った時に使える特例

土地を売るなら、税金を大幅に安くできる特例を見逃さないようにしましょう。特にマイホームの敷地は「3,000万円特別控除」という強力な制度が使えるかもしれません。

建物を取り壊して土地だけを売却する場合でも、条件次第で適用される場合があります。

以下では土地売却で押さえておきたい2つの特例について、それぞれの要件を解説します。

居住用財産を譲渡した場合の3,000万円特別控除

国税庁(No.3302 マイホームを売ったときの特例)によると、マイホーム(居住用財産)を売ったときは、所有期間の長短に関係なく譲渡所得から最高3,000万円まで控除できます。

これを「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除の特例」といいます。この特例を適用すれば、譲渡所得が3,000万円以下なら税金はゼロです。

原則として「自分が住んでいた家屋とその敷地」を売る場合に限られ、投資用の土地や一度も住んだことのない土地には使えません。

適用の条件

• 住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却すること
• 親子や夫婦など特別な関係がある人への売却でないことなど

建物を取り壊して土地のみを売却する場合の要件

国税庁(No.3320 マイホームを取り壊した後に敷地を売ったとき)によると、家屋を取り壊してその敷地だけを売却した場合でも、一定の要件をすべて満たせば、3,000万円特別控除を適用できます。

具体的な要件は次のとおりです。

上記の要件は厳格です。たとえば建物を取り壊してから1年1ヶ月後に売買契約を結んだ場合や、取り壊し後に駐車場として貸していた場合は、特例の適用を受けられません。​​​​​​​​​​​​​​​​

500万円で土地を売った時の確定申告

土地を売却した翌年は、たとえ500万円程度の売却でも、原則として確定申告が必要になります。「忘れていた」では済まされない大切な手続きです。

そこで今回は実務の流れに沿って分かりやすく解説していきます。

確定申告が必要なケース・不要なケース

「国税庁」によると土地を売って利益（譲渡所得）が出た場合は、確定申告が必要です。

赤字であれば義務はないのですが、他の所得と損益を通算して税金を安くするなら申告が必要です。

ここで一番の落とし穴が「3,000万円控除などの特例で税金がゼロになる」ケースです。

税金が出ないから申告不要と思われがちですが、実は、特例の適用を受けるためには申告手続きが絶対条件となります。

会社員の方も年末調整では処理できないので注意してください。利益が出ていればもちろん、特例を使う場合も忘れずに手続きが必要です。

確定申告の時期と必要書類

国税庁によると、譲渡所得の確定申告は土地を売却した年の翌年2月16日から3月15日までの期間に行います。

たとえば2025年中に売却した場合、2026年2月16日〜3月15日が申告期間です。

必要な主な書類は以下の通りです。

特例を適用する場合は、戸籍の附票の写しなど追加書類が必要です。

国税庁の作成コーナーを使えば、画面の案内に従って入力するだけで申告書を作成でき、e-Taxで電子申告も可能です。

確定申告の流れと納税方法

国税庁によると確定申告は、書類集め、所得計算、申告書作成、提出、納税の5ステップで進めます。

提出は税務署への持参や郵送のほか、e-Taxを使えば自宅から手続きできて便利です。納税は3月15日までに、現金や口座振替、クレジットカード、スマホアプリなどで済ませます。

住民税は別で計算され、翌年6月頃に通知が届きます(会社員なら給与から天引き)。

計算に自信がない場合は、税理士に頼むのも一つの手です。費用はかかりますが、後から税務署に指摘されるリスクを避けられ、安心して手続きを終えられます。​​​​​​​​​​​​​​​​

まとめ

500万円で土地を売った場合の税金は、一律ではありません。

所有期間が5年超なら税率は20.315％、5年以下では39.63％となり、税額に約2倍の差が出ます。

さらに、取得費を証明できない場合は課税額が大きく膨らみますが、資料の掘り起こしや専門家への相談で軽減できる可能性があります。条件を満たせば3,000万円の特別控除も適用可能です。

売却前に、所有期間・取得費の資料・特例の適用可否を確認しておくことで、税負担を大きく抑えられる可能性があります。