相続した不動産を売却するときの税金と注意点！計算方法や特例など解説

相続不動産の売却は、相続開始からおおむね3年以内が一つの目安です。この期間内であれば、税負担を軽減できる特例の適用期限に間に合い、相続登記の義務化にも対応できます。

主な手続きと期限は以下のとおりです。

取得費加算の特例は、相続税を納めた方が売却時の譲渡所得から相続税額の一部を控除できる制度です。空き家特例は、一定の要件を満たす被相続人（亡くなった方）の居住用財産を売却した場合に適用されます。いずれも期限を過ぎると適用を受けられないため、売却を検討している場合は早めに準備を進めましょう。

相続した不動産を売却する際には、登録免許税や印紙税、譲渡所得税など複数の費用・税金が発生します。特に相続物件では、相続登記の義務化（2024年4月施行）に伴う登録免許税や、所有期間の判定方法など、一般の不動産売却とは異なるポイントがあります。この章では、相続した不動産の売却で想定される費用と税金について見ていきましょう。

相続登記に必要な登録免許税は、不動産の固定資産税評価額に対して0.4％の税率で計算されます。

ただし、令和7年度の税制改正により、土地価額が100万円以下の場合や、相続登記を行わないまま亡くなった被相続人名義の土地については、2027年3月31日まで免税措置が適用されます。

売買契約書には、契約金額に応じた印紙税が課されます。2027年3月31日まで軽減措置が適用されており、主な税額は以下のとおりです。

参照元：国税庁「不動産売買契約書の印紙税の軽減措置」

印紙代は、売主・買主がそれぞれ自分の契約書分を負担するのが一般的となっています。ただし、電子契約を利用した場合は印紙税が不要です。

譲渡所得税は、以下の計算式で算出した課税譲渡所得に税率を乗じて求めます。

【所有期間による税率の違い】

参照元：国税庁「No.1440 譲渡所得(土地や建物を譲渡したとき)」

相続した不動産の場合、所有期間は被相続人の取得日から起算するため、相続直後の売却でも長期譲渡所得に該当するケースが多いです。

不動産会社に売却を依頼した場合、成約時に仲介手数料が発生します。仲介手数料の上限額は、宅地建物取引業法で以下のように定められています。

参照元:国土交通省「不動産取引に関するお知らせ」

例えば、売買価格が2,000万円の場合は、仲介手数料の上限は72.6万円(税込)です。

ほかにも、以下の費用が発生する可能性があります。

必要に応じて見積もりを取り、想定外の出費が出ないよう確認しておきましょう。

相続した不動産を売却する際には、一定の要件を満たせば税負担を軽減できる特例があります。代表的なものは、以下の3つです。

それぞれ適用要件や併用の可否が異なるため、事前に確認しておきましょう。

相続税を納付した後に相続財産を売却した場合、納めた相続税の一部を取得費に加算できる特例です。取得費が増えることで譲渡所得が圧縮され、結果として譲渡所得税の負担を軽減できます。主な適用要件は、以下のとおりです。

取得費に加算できる相続税額は、売却した財産に対応する部分に限られます。計算式は、以下のとおりです。

「取得費加算の特例」と「空き家の3,000万円特別控除」は併用できません。どちらが有利かは、相続税額や譲渡所得の金額によって異なるため、税理士への相談をおすすめします。

被相続人が一人暮らしをしていた自宅(空き家)を相続し、一定の要件を満たして売却した場合、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる特例です。主な適用要件は、以下のとおりです。

なお、2024年1月1日以降の譲渡については、相続人が3人以上いる場合、控除額が1人あたり2,000万円に縮小されます。

相続した不動産であっても、相続後に自分が実際に居住していた場合は「居住用財産の3,000万円特別控除」を適用できる可能性があります。所有期間の長短を問わず利用でき、譲渡所得から最大3,000万円を控除できます。主な要件は以下のとおりです。

居住用財産の3,000万円特別控除は、被相続人と同居していた相続人が相続後も引き続き居住し、その後に売却するケースで適用できます。

一方、相続後に一度も住んでいない場合は対象外となるため「空き家の3,000万円特別控除」の適用を検討しましょう。

なお、所有期間が10年を超える居住用財産であれば、軽減税率の特例（課税譲渡所得6,000万円以下の部分は税率14.21％）との併用も可能です。

相続不動産の売却では適用できる特例が複数ありますが、組み合わせによっては併用できないものがあります。併用の可否は、以下のとおりです。

相続税を多く納付している場合は、取得費加算の特例が有利になりやすい傾向があります。一方、譲渡所得が3,000万円以下であれば、空き家特例の適用で税額がゼロになる可能性が高くなります。

どちらが有利になるかは個々の状況によって異なるため、判断に迷う場合は税理士に相談すると良いでしょう。

相続不動産を売却した後は、確定申告の要否を確認し、必要に応じて期限内に手続きを行いましょう。申告が必要かどうかは、譲渡所得の有無や特例の利用状況によって異なります。また、売却時期を逃すと特例が適用できなくなるリスクがあるため、スケジュール管理も重要です。

相続した不動産を売却した場合、譲渡所得（利益）が発生すれば翌年2月16日〜3月15日に確定申告が必要です。相続人が複数いる場合は、各自の持分に応じて個別に申告します。確定申告の要否は、以下のとおりです。

譲渡所得がマイナスの場合は、原則として申告は不要です。ただし、相続後に自分で住んでから売却するなど一定の要件を満たす場合は、損益通算や繰越控除を受けるために申告したほうが有利になることがあります。

相続不動産の売却には期限が設けられている特例が多く、タイミングを逃すと税負担が大きくなる可能性があります。例えば空き家の3,000万円特別控除は、相続開始から3年経過年の12月31日までに売却する必要があり、期限を過ぎると控除が受けられません。

さらに、売却を先延ばしにすることで以下のリスクも生じます。

「固定資産税の軽減措置」とは住宅用地の税額を最大1/6に減額する制度です。特定空き家に指定された場合は、この適用が受けられなくなるため税負担が最大6倍に増加します。特例の適用期限から逆算し、余裕を持ったスケジュールで売却を進めることが重要です。

相続した不動産の売却は、特例の適用期限や相続登記の義務化を踏まえると、相続開始から3年程度を目安に進めることが重要です。売却時には仲介手数料、譲渡所得税などの費用・税金が発生しますが、空き家の3,000万円特別控除や取得費加算の特例を活用すれば、税負担を軽減できる可能性があります。ただし特例を利用する場合は、税額が0円でも確定申告が必要な点に注意しましょう。

売却を検討する際は、まず複数の不動産会社に査定を依頼し、物件の相場を把握しておくと安心です。「GMO不動産査定」なら、無料で複数社の査定額を一括比較できます。相続不動産の売却についてお悩みの方は、まずは査定依頼から始めてみてください。