1000万円で土地を売却したら税金はいくらかかる？シミュレーションや節税方法も

譲渡所得税（住民税・所得税）

土地を売却して得た利益には、「譲渡所得税」が課されます。譲渡所得税はさらに、「所得税」と「住民税」の2種類に分かれ、それぞれ異なる税率で計算されます。売却による所得は給与などとは別で課税される「分離課税」となっており、所有期間によって税率が大きく変わるのが特徴です。

短期・長期による税率の違い

このように、税率は所有期間が5年を超えるかどうかで約2倍の差があります。売却のタイミングを1年遅らせることで、税率が下がるケースもあるため、所有期間の確認は節税の第一歩です。

監修者コメント

所有期間の判定日は「売却日」ではなく「その年の1月1日時点」で判断されるという点が、実務上非常に重要です。これは国税庁タックスアンサーNo.3205にも記載されており、「1月1日時点で5年超」かどうかが税率を左右します。現場では、税理士が「あと1ヶ月待てば長期譲渡になる」とアドバイスすることも珍しくありません。

印紙税

印紙税は、土地売買における契約書を作成する際に課される税金です。売却によって生じる利益に課される譲渡所得税とは異なり、契約書という「文書」に対して一律で発生する点が特徴です。契約書の記載金額に応じて課税額が変動し、所定の額面の「収入印紙」を契約書に貼付して納税するのが基本的な流れです。なお、売買契約書が電子契約の場合は印紙税はかかりません。

印紙税額の一例（1,000万円の売却契約書）

令和6年3月31日までの軽減措置については、国税庁の案内を参照（No.7125 営業に関しない受取書｜国税庁）

印紙税は小さな金額ながらも、正しく対応しないと過少申告と見なされることがあるため、実務上の注意が求められます。

監修者コメント

実務では、収入印紙を契約書に貼付し、必ず消印することが必要とされています。消印がないと納税とみなされないリスクがあります。印紙税軽減措置は国税庁公式に詳細があります。

登録免許税

登録免許税は、土地の売買にともなって発生する登記手続きに対する税金です。所有権を正式に移転するためには、法務局で登記の申請が必要であり、その際に登録免許税が課されます。

登録免許税に関するポイント

• 所有権移転登記：買主が負担（税率は評価額×2%）
• 抵当権抹消登記：売主が負担（1件1,000円）
• 登記は司法書士が代行するのが一般的

抵当権が残っていると売却できないため、事前の確認と抹消手続きが必要です。

監修者コメント

登録免許税法（昭和42年法律第35号）に基づき、税率や課税対象が定められています。不動産が複数筆ある場合、1筆ごとに1,000円課税される点は見落とされやすいため注意が必要です。

取得費が600万円の場合

取得費が600万円と明確に証明できる場合、1,000万円で土地を売却して得られる譲渡所得は「売却価格−取得費−譲渡費用」で計算されます。譲渡費用として仲介手数料などを50万円と仮定すると、譲渡所得は350万円となり、そこに所有期間に応じた税率を適用して税額を算出します。取得費が正確に分かるケースは、税負担を抑えるうえで非常に有利です。

取得費600万円・長期譲渡時の税額計算例

取得費600万円が証明できた場合、納税額は約71万円に抑えられます。これは同じ条件で取得費が不明だった場合の約183万円と比べて半分以下です。契約書や領収書など、購入時の書類を適切に保管しているかどうかが、そのまま納税額の差に直結します。可能な限り、客観的な取得費の証明資料を確保することが重要です。

監修者コメント

このような「取得費の証明」が可能かどうかは、不動産売却時の税務における最重要ポイントのひとつです。実務では、以下のような書類が「取得費の根拠」として有効とされています：

• 不動産の売買契約書（原本または写し）
• 登記識別情報通知書や登記済権利証（登記簿謄本では取得費は分かりません）
• 購入当時の通帳履歴や振込明細
• 仲介業者の請求書・領収書など

国税庁もタックスアンサー No.3257で、これらの書類を使って実際の取得費を証明するよう推奨しています。
また、古い物件の場合でも、パンフレットや新聞広告、不動産会社の販売資料などが間接証拠として認められる場合もあるため、手がかりになりそうな書類はすべて保管しておくのが望ましいです。

専門家の立場から言えば、たとえ「概算取得費を使えば計算は楽」と感じても、数十万円〜100万円以上の差になることがあるため、手間を惜しまず取得費を証明する努力が最優先事項です。どうしても難しい場合は、税理士に「過去の通帳記録」や「第三者からの間接資料」の活用について相談すると、突破口が見つかるケースもあります。

取得費が不明な場合

購入時の売買契約書や領収書を紛失してしまい、取得費が証明できないケースも少なくありません。その場合、税法上は「概算取得費」として、売却価格の5%を取得費として計算するルールが適用されます。しかし、この方式では実際の取得費より大幅に低く見積もられることが多く、納税額が大きく膨らむ原因となるため注意が必要です。

概算取得費（5%ルール）での税額計算例

概算取得費で計算すると、税額は約183万円となり、取得費が600万円と証明できた場合（約71万円）と比較して、100万円以上の差が生じます。書類がないからといってすぐに5%ルールを使わず、通帳の履歴やローン記録などを探して取得費の裏付けとなる資料を見つける努力をすることが、節税につながります。証明が難しい場合は、税理士に相談するのも有効です。

監修者コメント

取得費が不明な場合に適用される「概算取得費5%ルール」は、所得税法第33条第2項および租税特別措置法施行令第25条に基づいて運用されており、国税庁の公式タックスアンサー No.3258にも明記されています。

この制度は、あくまでも「例外的な救済措置」であり、税務実務においても取得費の証明が本当に不可能な場合の最終手段として位置づけられています。現場では、契約書がなくても、次のような間接資料が取得費の裏付けとして機能する場合があります：

• 当時の住宅ローン契約書や金銭消費貸借契約書
• 金融機関の入出金明細（通帳コピー）
• 登記簿に記載された過去の所有者との関係
• 売主の資金移動を記録した古いファイルやレシート類

税務署は「合理的に推測できる金額」であれば、間接資料からの取得費認定を否定するものではありません。むしろ、“何も出さずに5%を使う”ことのほうがリスクが高いと考えるべきです。取得費の裏付けに不安がある場合は、早い段階で税理士に協力を仰ぎ、使える書類の範囲を丁寧に洗い出すことが、実務上の最善策です。

所有期間が5年未満の場合

土地の所有期間が5年以下で売却した場合、「短期譲渡所得」として分類されます。短期譲渡には高い税率が適用され、長期譲渡と比べて約2倍の税負担になるのが特徴です。ここでいう「所有期間」とは、単純な経過年数ではなく、売却した年の1月1日時点での保有期間で判断されます。たとえば、2020年3月に取得して2025年3月に売却した場合でも、2025年1月1日時点で5年未満のため、短期譲渡に該当します。

短期譲渡所得にかかる税率（合計39.63%）

このように、短期所有の場合は譲渡所得の約4割が税金として差し引かれることになります。取得費や譲渡費用を差し引いて利益が残っても、実際の手取り額は大幅に減ることになります。所有期間が5年の節目に近いときは、売却時期を1年遅らせるだけで税率が約半分に下がる可能性があります。売却を急ぐ前に、登記簿などで所有開始日の確認を行うことをおすすめします。

監修者コメント

短期譲渡所得に該当すると税率が高くなることは広く知られていますが、「所有期間の判定ルール」には独自の注意点があります。所有期間は、売却日ではなく、売却年の「1月1日時点」で判定されるため、誤解しやすいポイントです。

このルールは、国税庁タックスアンサー No.3205 にも記載されており、判定基準日はあくまで「その年の1月1日」とされています。
例えば、2019年12月1日に取得した土地を2024年12月末に売却した場合、実際には5年が経過しているように見えますが、2024年1月1日時点ではまだ「4年1ヶ月」となり、短期譲渡扱いとなってしまいます。

不動産実務では、税理士や不動産会社が「1月1日判定」を重視し、売却を1ヶ月延期するようアドバイスするケースも珍しくありません。これは、税率が20.315%と39.63%でほぼ倍になるため、わずかなタイミング調整で100万円単位の節税につながるからです。
とくに5年の境目付近で売却を検討している場合は、登記簿上の取得日とカレンダーを照らし合わせ、売却日を調整する判断が極めて実務的かつ合理的です。

所有期間が5年以上の場合

土地の所有期間が5年を超えていると、「長期譲渡所得」に分類されます。長期譲渡では税率が低く設定されており、短期譲渡よりおよそ半分の税負担で済みます。所有期間の起算日は「取得日」、判定基準日は「売却年の1月1日」です。たとえば、2018年12月に取得し、2024年6月に売却した場合、2024年1月1日時点で5年を超えているため、長期譲渡として扱われます。

長期譲渡所得にかかる税率（合計20.315%）

この税率により、譲渡所得が同じでも短期譲渡と比べて納税額が大きく軽減されるため、売却時期を調整できる場合は戦略的に活用すべきです。特に、売却予定年の1月1日時点で所有期間が4年11ヶ月など境界線にある場合は、登記簿謄本を用いて正確な取得日を確認し、必要に応じて売却時期を延期することで大きな節税効果を得られる可能性があります。

監修者コメント

長期譲渡所得として認定されると、税率が39.63% → 20.315%へと大幅に軽減されるため、税務実務上でも非常に大きな判断ポイントになります。この税率構造は、所得税法第33条や住民税法に基づくもので、譲渡所得の計算方法や分離課税の仕組みにより成立しています。

なお、不動産売却において長期譲渡となるには、次の2つの要件を同時に満たす必要があります：

1. 登記上の取得日（または売買契約締結日）から起算して5年超が経過していること
2. 売却した年の「1月1日」時点で5年を超えていること

これらの条件は、国税庁のタックスアンサー No.3205にも記載されており、1日でも早く売却してしまうと長期譲渡として扱われず、税額が2倍近くに跳ね上がる恐れがあります。

不動産会社では、売却相談を受けた際に「来月売るより、年をまたいで売却したほうが税金が下がる可能性があります」とアドバイスすることが実務上よくあります。買主との調整が可能な範囲であれば、売却契約や引渡しの時期を1月以降にするだけで、数十万円以上の税金が削減できることもあります。

マイホームを売却したときの3000万円控除

マイホームを売却した場合、一定の条件を満たせば譲渡所得から最大3,000万円まで控除できる特例を適用できます。これにより、譲渡所得が3,000万円以下であれば所得税も住民税もゼロとなる可能性があります。長期・短期を問わず適用できる点もこの制度の強みです。ただし、売却相手が親族などの「特別な関係者」の場合には適用外となるなど、要件には注意が必要です。

3,000万円特別控除の主な適用要件

• 売却した住宅が自分の「居住用財産」であること
• 売却相手が親族など特別関係者でないこと
• 過去に同じ特例を使っていない（過去2年以内）
• 住まなくなった場合でも3年目の12月31日までの売却であれば可

この控除は非常に節税効果が大きく、たとえば取得費600万円・譲渡費用50万円で売却した場合、譲渡所得が3,500,000円でも全額控除の対象となり、納税額は0円になります。さらに、長期譲渡であれば軽減税率の特例と併用することも可能です。適用には住民票や戸籍の附票などの書類が必要になるため、売却計画の早い段階で準備を進めておくと安心です。

監修者コメント

この「3,000万円特別控除」は、租税特別措置法第35条第1項に規定された制度で、特に住宅政策の一環として広く活用されています。
特徴的なのは、短期譲渡であっても適用できる点と、他の所得とは合算されない“分離課税”の枠内で強力に控除できる点です。

実務では、不動産会社が売却時にこの特例の有無を確認することが多く、「登記簿の名義が本人であるか」「実際に住んでいたかどうか」が判断基準になります。特に注意すべき点は以下の2つです：

1. 特別な関係者への売却には適用不可
   → 親子・夫婦・生計を一にする親族などが該当
2. マイホームでなくなって3年目の12月31日までが期限
   → 空き家状態が長いと期限を超える可能性があるため要注意

また、適用を受けるには、確定申告時に「居住用財産を譲渡したことの証明書類」（住民票・附票など）の添付が求められます。提出漏れにより控除が適用されない事例も報告されているため、不動産売買契約を締結する前に税理士に相談し、該当可否と必要書類を確認することが実務上の基本対応とされています。

空き家の特例

相続した実家などの「空き家」を売却する場合、一定の条件を満たすと譲渡所得から最大3,000万円を控除できる特例が適用されます。これは、老朽化した空き家の流通を促進する目的で設けられた制度で、活用できれば税負担を大きく抑えることができます。ただし、建物の構造や売却方法に関して、他の特例よりも複雑な適用要件が設定されている点に注意が必要です。

空き家特例の主な適用条件（代表的なもの）

• 被相続人が1人で住んでいた住宅であること
• 昭和56年5月31日以前に建築された家屋であること
• 耐震改修済み、もしくは取り壊して更地で売却すること
• 相続から3年を経過する年の12月31日までに売却
• 売却額が1億円以下であること

この制度を活用すれば、たとえば相続で取得した空き家を800万円で売却し、取得費や費用を差し引いて譲渡所得が3,000万円以下であれば所得税・住民税ともに課税されません。令和6年の改正で、売却後に買主が取り壊しや耐震改修を行った場合でも適用可能になったため、制度の柔軟性は高まっています。ただし、対象となる空き家の確認書の取得や、自治体への提出書類などが必要になるため、早めの準備が重要です。

監修者コメント

この特例は、租税特別措置法第35条の2に基づく制度で、2016年の税制改正により創設されました。背景には、全国で増加する「放置空き家」が防災・衛生・景観上の社会問題となったことがあり、相続後に活用予定のない空き家を流通市場に戻すことを目的とした政策的な措置です。

実務上で注意すべきポイントは、以下のような「見落としやすい要件」が複数あることです：

• 被相続人が老人ホームに入所していた場合も対象となるが、要件が厳密
• 耐震改修を行わずに売却する場合は、取り壊して“更地”での売却が必須
• 特例の適用には「被相続人居住用家屋等確認書」を市区町村から取得する必要あり

また、2024年度の税制改正により、「売却後に買主が取り壊しまたは耐震改修を行う場合」でも特例の適用が認められるようになりました。これは実務上非常に大きな変更で、売却前に更地にしなくても税制優遇が受けられるケースが拡大したことを意味します。

こうした条件は、国税庁だけでなく自治体ごとに対応が異なる部分もあり、売却に先立って税理士と市区町村の窓口で二重確認することが強く推奨されています。

取得費加算の特例

相続した土地や不動産を売却する際、相続税を支払っていれば「取得費加算の特例」が適用できる可能性があります。これは、支払った相続税の一部を取得費に加算して譲渡所得を圧縮できる制度であり、結果として納税額を減らすことができます。とくに相続税の額が大きい場合、この特例の効果は非常に大きくなります。

取得費加算の特例の適用要件と加算方法

• 相続税を納付していること（相続放棄者は対象外）
• 売却が相続開始の翌日から「3年10ヶ月以内」に行われていること
• 加算額 ＝ 相続税納税額 ×（売却した不動産の評価額 ÷ 全体の課税価格）

たとえば、相続税として600万円を納付し、そのうち200万円が該当不動産に対応する場合、この200万円を取得費として上乗せできます。取得費が増えることで、譲渡所得が減り、最終的な課税額も抑えられるという仕組みです。ただし、特例の適用には相続税申告書の写しや計算明細書の提出が必要なため、期限内に確実な準備を行う必要があります。相続後すぐに売却計画を立てることで、節税の選択肢が広がります。

監修者コメント

この「取得費加算の特例」は、租税特別措置法施行令第39条に明記されており、相続税を負担した人が、その税の一部を不動産の取得費に上乗せして譲渡所得を減らせる制度です。譲渡所得税の算出上、取得費を増やせることは大きな節税メリットをもたらします。

実務でよく見落とされるのが、「3年10ヶ月以内」という厳密な期間要件です。これは、相続が発生した翌日から起算され、売買契約を締結する日ではなく、実際に譲渡（引渡し・決済）が完了した日が期限内であることが必要です。1日でも遅れれば特例の適用は完全に失われるため、売却スケジュールを相続開始日から逆算して管理する必要があります。

また、加算対象となる相続税額は、納税総額ではなく「売却した不動産に対応する部分」だけであるため、相続税の課税明細をもとに“按分計算”を行う必要があります。この計算を誤ると、税務署から否認されるリスクがあるため、申告書の第11表や財産評価明細書の確認は、税理士が必ずチェックする項目です。

特に、相続財産が複数あり、そのうちの一部だけを売却するケースでは、加算額の計算が複雑になるため、実務では税理士に相談するのが通例です。