1000万円で土地を売却したら税金はいくらかかる？シミュレーションや節税方法も

譲渡所得税（住民税・所得税）

土地を売却して得た利益には、「譲渡所得税」が課されます。譲渡所得税はさらに、「所得税」と「住民税」の2種類に分かれ、それぞれ異なる税率で計算されます。売却による所得は給与などとは別で課税される「分離課税」となっており、所有期間によって税率が大きく変わるのが特徴です。

短期・長期による税率の違い

このように、税率は所有期間が5年を超えるかどうかで約2倍の差があります。売却のタイミングを1年遅らせることで、税率が下がるケースもあるため、所有期間の確認は節税の第一歩です。

印紙税

印紙税は、土地売買における契約書を作成する際に課される税金です。売却によって生じる利益に課される譲渡所得税とは異なり、契約書という「文書」に対して一律で発生する点が特徴です。契約書の記載金額に応じて課税額が変動し、所定の額面の「収入印紙」を契約書に貼付して納税するのが基本的な流れです。なお、売買契約書が電子契約の場合は印紙税はかかりません。

印紙税額の一例（1,000万円の売却契約書）

令和6年3月31日までの軽減措置については、国税庁の案内を参照（No.7125 営業に関しない受取書｜国税庁）

印紙税は小さな金額ながらも、正しく対応しないと過少申告と見なされることがあるため、実務上の注意が求められます。

登録免許税

登録免許税は、土地の売買にともなって発生する登記手続きに対する税金です。所有権を正式に移転するためには、法務局で登記の申請が必要であり、その際に登録免許税が課されます。

登録免許税に関するポイント

• 所有権移転登記：買主が負担（税率は評価額×2%）
• 抵当権抹消登記：売主が負担（1件1,000円）
• 登記は司法書士が代行するのが一般的

抵当権が残っていると売却できないため、事前の確認と抹消手続きが必要です。

取得費が600万円の場合

取得費が600万円と明確に証明できる場合、1,000万円で土地を売却して得られる譲渡所得は「売却価格−取得費−譲渡費用」で計算されます。譲渡費用として仲介手数料などを50万円と仮定すると、譲渡所得は350万円となり、そこに所有期間に応じた税率を適用して税額を算出します。取得費が正確に分かるケースは、税負担を抑えるうえで非常に有利です。

取得費600万円・長期譲渡時の税額計算例

取得費600万円が証明できた場合、納税額は約71万円に抑えられます。これは同じ条件で取得費が不明だった場合の約183万円と比べて半分以下です。契約書や領収書など、購入時の書類を適切に保管しているかどうかが、そのまま納税額の差に直結します。可能な限り、客観的な取得費の証明資料を確保することが重要です。

取得費が不明な場合

購入時の売買契約書や領収書を紛失してしまい、取得費が証明できないケースも少なくありません。その場合、税法上は「概算取得費」として、売却価格の5%を取得費として計算するルールが適用されます。しかし、この方式では実際の取得費より大幅に低く見積もられることが多く、納税額が大きく膨らむ原因となるため注意が必要です。

概算取得費（5%ルール）での税額計算例

概算取得費で計算すると、税額は約183万円となり、取得費が600万円と証明できた場合（約71万円）と比較して、100万円以上の差が生じます。書類がないからといってすぐに5%ルールを使わず、通帳の履歴やローン記録などを探して取得費の裏付けとなる資料を見つける努力をすることが、節税につながります。証明が難しい場合は、税理士に相談するのも有効です。

所有期間が5年未満の場合

土地の所有期間が5年以下で売却した場合、「短期譲渡所得」として分類されます。短期譲渡には高い税率が適用され、長期譲渡と比べて約2倍の税負担になるのが特徴です。ここでいう「所有期間」とは、単純な経過年数ではなく、売却した年の1月1日時点での保有期間で判断されます。たとえば、2020年3月に取得して2025年3月に売却した場合でも、2025年1月1日時点で5年未満のため、短期譲渡に該当します。

短期譲渡所得にかかる税率（合計39.63%）

このように、短期所有の場合は譲渡所得の約4割が税金として差し引かれることになります。取得費や譲渡費用を差し引いて利益が残っても、実際の手取り額は大幅に減ることになります。所有期間が5年の節目に近いときは、売却時期を1年遅らせるだけで税率が約半分に下がる可能性があります。売却を急ぐ前に、登記簿などで所有開始日の確認を行うことをおすすめします。

所有期間が5年以上の場合

土地の所有期間が5年を超えていると、「長期譲渡所得」に分類されます。長期譲渡では税率が低く設定されており、短期譲渡よりおよそ半分の税負担で済みます。所有期間の起算日は「取得日」、判定基準日は「売却年の1月1日」です。たとえば、2018年12月に取得し、2024年6月に売却した場合、2024年1月1日時点で5年を超えているため、長期譲渡として扱われます。

長期譲渡所得にかかる税率（合計20.315%）

この税率により、譲渡所得が同じでも短期譲渡と比べて納税額が大きく軽減されるため、売却時期を調整できる場合は戦略的に活用すべきです。特に、売却予定年の1月1日時点で所有期間が4年11ヶ月など境界線にある場合は、登記簿謄本を用いて正確な取得日を確認し、必要に応じて売却時期を延期することで大きな節税効果を得られる可能性があります。

マイホームを売却したときの3000万円控除

マイホームを売却した場合、一定の条件を満たせば譲渡所得から最大3,000万円まで控除できる特例を適用できます。これにより、譲渡所得が3,000万円以下であれば所得税も住民税もゼロとなる可能性があります。長期・短期を問わず適用できる点もこの制度の強みです。ただし、売却相手が親族などの「特別な関係者」の場合には適用外となるなど、要件には注意が必要です。

3,000万円特別控除の主な適用要件

• 売却した住宅が自分の「居住用財産」であること
• 売却相手が親族など特別関係者でないこと
• 過去に同じ特例を使っていない（過去2年以内）
• 住まなくなった場合でも3年目の12月31日までの売却であれば可

この控除は非常に節税効果が大きく、たとえば取得費600万円・譲渡費用50万円で売却した場合、譲渡所得が3,500,000円でも全額控除の対象となり、納税額は0円になります。さらに、長期譲渡であれば軽減税率の特例と併用することも可能です。適用には住民票や戸籍の附票などの書類が必要になるため、売却計画の早い段階で準備を進めておくと安心です。

空き家の特例

相続した実家などの「空き家」を売却する場合、一定の条件を満たすと譲渡所得から最大3,000万円を控除できる特例が適用されます。これは、老朽化した空き家の流通を促進する目的で設けられた制度で、活用できれば税負担を大きく抑えることができます。ただし、建物の構造や売却方法に関して、他の特例よりも複雑な適用要件が設定されている点に注意が必要です。

空き家特例の主な適用条件（代表的なもの）

• 被相続人が1人で住んでいた住宅であること
• 昭和56年5月31日以前に建築された家屋であること
• 耐震改修済み、もしくは取り壊して更地で売却すること
• 相続から3年を経過する年の12月31日までに売却
• 売却額が1億円以下であること

この制度を活用すれば、たとえば相続で取得した空き家を800万円で売却し、取得費や費用を差し引いて譲渡所得が3,000万円以下であれば所得税・住民税ともに課税されません。令和6年の改正で、売却後に買主が取り壊しや耐震改修を行った場合でも適用可能になったため、制度の柔軟性は高まっています。ただし、対象となる空き家の確認書の取得や、自治体への提出書類などが必要になるため、早めの準備が重要です。

取得費加算の特例

相続した土地や不動産を売却する際、相続税を支払っていれば「取得費加算の特例」が適用できる可能性があります。これは、支払った相続税の一部を取得費に加算して譲渡所得を圧縮できる制度であり、結果として納税額を減らすことができます。とくに相続税の額が大きい場合、この特例の効果は非常に大きくなります。

取得費加算の特例の適用要件と加算方法

• 相続税を納付していること（相続放棄者は対象外）
• 売却が相続開始の翌日から「3年10ヶ月以内」に行われていること
• 加算額 ＝ 相続税納税額 ×（売却した不動産の評価額 ÷ 全体の課税価格）

たとえば、相続税として600万円を納付し、そのうち200万円が該当不動産に対応する場合、この200万円を取得費として上乗せできます。取得費が増えることで、譲渡所得が減り、最終的な課税額も抑えられるという仕組みです。ただし、特例の適用には相続税申告書の写しや計算明細書の提出が必要なため、期限内に確実な準備を行う必要があります。相続後すぐに売却計画を立てることで、節税の選択肢が広がります。