600万円で土地を売った時の税金はいくら？活用できる特別控除や特例も解説

600万円で土地を売った時の税金の種類

600万円で土地を売却した場合、状況によって関係する税金がいくつかあります。
主に押さえておきたいのは、次の3つです。

これらは、すべての人に同じようにかかるわけではありません。

まずは契約時・決済時・翌年の申告で発生する税金を整理します。

印紙税

印紙税は売買契約書にかかる税金で、収入印紙を貼って消印する形で納付します。

税額は契約金額によって決まります。国税庁の定めによると、500万円超〜1,000万円以下の区分では本来1万円ですが、現在は軽減措置の対象期間中です。

2027年3月31日作成分までは、半額の5,000円となります。

契約書を各自1通ずつ保管する運用が多く、その場合は売主分の印紙代として5,000円が目安です。

登録免許税

登録免許税は、土地売却時に売主が負担するケースが多い税金です。そして、売却時に論点になりやすいのは、抵当権が付いている場合の「抵当権抹消登記」です。

「登録免許税法」によると、対象となる土地に抵当権（ローン等）が設定されている場合、引き渡し前の抹消手続きが必須となります。

実務上は、決済の場などで司法書士へ一任するケースがほとんどです。その際は登録免許税に加え、1万〜2万円程度の司法書士報酬がかかります。

譲渡所得税

譲渡所得税は、土地を売却して得た利益に対してかかる税金です。売却価格そのものに課税されるわけではありません。

次の計算式で求めます。

取得費には、購入代金や当時の仲介手数料などが含まれます。譲渡費用は、売却時にかかった仲介手数料や印紙税などです。

この計算で利益が出なければ、600万円で売却しても譲渡所得税はかかりません。一方で、利益が出た場合の税率は、所有期間によって大きく変わります。

所得税には復興特別所得税（2.1%）が上乗せされます。所有期間で税率が大きく変わるため、売却時期は要チェックです。

600万円で土地を売った時の税金はいくら？

実際に600万円で土地を売却した場合の税金がいくらになるのか、次の3つのパターンで具体的に解説します。

長期譲渡所得の場合

所有期間が5年を超える土地を売却した場合は、長期譲渡所得として税率20.315%が適用されます。

ここでは、取得費をきちんと証明できるケースで計算してみましょう。

前提条件

• 売却価格：600万円
• 取得費：450万円
• 譲渡費用：50万円（仲介手数料など）
• 所有期間：5年超（長期譲渡所得）

譲渡所得を計算します。

この100万円に対して長期譲渡所得の税率20.315%をかけると「100万円×20.315%=20万3,150円」が譲渡所得税となります。

印紙税5,000円(軽減税率適用)と登録免許税1,000円を加えると、税金総額は約20万9,150円です。

手取り額は「600万円−50万円(譲渡費用)−20万9,150円(税金)=約529万850円」となります。取得費をきちんと証明でき、長期譲渡に該当すれば、600万円の売却でも取得費を証明でき、かつ長期譲渡に当たると、税額は比較的抑えやすくなります。

短期譲渡所得の場合

次に、同じ条件で所有期間が5年以下だった場合です。

条件

• 売却価格：600万円
• 取得費：450万円
• 譲渡費用：50万円（仲介手数料など）
• 所有期間：5年以下（短期譲渡所得）

短期譲渡所得に該当すると、譲渡所得税は約39.6万円となり、長期の場合と比較して約2倍の税額になります。

所有期間が5年の境目に近い場合は、売却時期の調整で税率区分が変わる可能性があります。

取得費不明で概算取得費を使う場合

相続した土地などで、「昔の契約書が見つからない」というケースは珍しくありません。

この場合、売却価格の5%を取得費として計算する「概算取得費」というルールが適用されます。これが税金を高くする税額が大きくなりやすい要因です

具体的な数字でシミュレーションしてみましょう。

シミュレーション条件

• 売却価格：600万円
• 取得費：不明（※売値の5%で計算）
• 譲渡費用：50万円
• 所有期間：5年超

税金計算

経費とみなされる「概算取得費」は、600万円の5%でたったの30万円です。これでは、売却益（譲渡所得）が膨れ上がってしまいます。

譲渡所得：520万円（600万円－30万円－50万円）

ここにかかる税金（所得税・住民税・復興特別所得税を合わせた税率20.315%）を計算すると、譲渡所得税は約105万6,380円です。印紙税などを足した税金総額は、約106万2,000円にもなります。

600万円で売れたのに、本来ならもっと安かったはずの税金が100万円を超えてしまうのです。契約書がないだけで、何十万円、場合によっては何百万円も税負担が増える可能性があります。

ご実家の押し入れや金庫、銀行の貸金庫など、心当たりがある場所は「購入時資料の確認」だと思って徹底的に探してみてください。その紙切れ一枚に、数十万円の価値があるかもしれません。

600万円の土地売却で使える特別控除・特例

ここでは、600万円の土地売却で適用できる可能性がある主な特例を整理します。

居住用財産の3,000万円特別控除

自宅として住んでいた土地や建物を売却した場合、譲渡所得から最大3,000万円を差し引ける特例があります。

600万円での売却で譲渡所得が3,000万円以内の場合は、原則として税金はかかりません。

たとえば、600万円で売却し、譲渡所得が100万円出ていたとしても「100万円−3,000万円＜0円」となるため、課税譲渡所得はゼロになります。

土地のみを売る場合でも、住まなくなった日から3年後の12月31日までに売却すれば控除の対象です。建物を取り壊した場合でも、取り壊し後1年以内に売買契約を結べば適用になります。

注意点は、税金が0円になる場合でも確定申告が必要な点です。申告をしなければ特例は適用されないので注意してください。

相続空き家の3,000万円特別控除

被相続人が住んでいた家と土地を相続し、空き家となった不動産を売却した場合に使える特例です。
譲渡所得から最大3,000万円を控除でき、600万円の売却なら原則として譲渡所得税はかかりません。

対象となるのは、昭和56年5月31日以前に建てられた旧耐震基準の住宅です。
相続開始から3年が経過する年の12月31日までに売却する必要があります。

更地にして売る場合は、解体費用が自己負担になる点や、期限内に工事と売却を完了させるスケジュール管理が重要です。

2024年以降は、売主が解体せず、買主が引き渡し後に解体などを行うケースでも適用可能になりました。

ただし、期限や証明書の提出が必要なため、契約前に不動産会社へ確認が必要です。

平成21年・22年に取得した土地の1,000万円特別控除

平成21年（2009年）または22年（2010年）に取得した土地を、5年を超えて保有し売却する場合に使える特例です。

最大の特徴は、譲渡所得から1,000万円まで差し引けることです。居住用の必要はなく、投資用の土地や駐車場として使っていた更地でも適用されます。

仮に600万円で売却した場合、譲渡所得（利益）が1,000万円の控除枠を上回ることはまずありません。

例えば、600万円で売って600万円の利益が出ていたとしても「600万円−1,000万円＝0円（マイナスはゼロ扱い）」となり、税金は発生しません。

リーマンショック後の景気対策として生まれた制度のため、対象となる取得時期がピンポイントで決まっています。まずは売買契約書の日付を確認し、該当するかどうかチェックしてみてください。

公共事業などのために土地を売った場合の5,000万円特別控除

道路建設や区画整理などの公共事業（立ち退き等）のために土地が買収される場合、税負担を大幅に減らせる強力な特例が用意されています。

例えば、600万円で買い取られ、譲渡所得が600万円出ていたとしても「600万円−5,000万円＜0円」となるため、課税譲渡所得はゼロになります。

控除額は最大5,000万円です。対象となるのは、国や地方公共団体による収用や、それに準ずる形での売却です。

気をつけたいのは手続き面です。「申し出から6ヶ月以内の譲渡」という期限条件に加え、確定申告では専用の証明書が必要になります。

後から再発行などの手間をかけないよう、関係書類は厳重に管理しておきましょう。

特定住宅地造成事業などのために土地を売った場合の1,500万円特別控除

「特定住宅地造成事業等のために土地を譲渡した場合の1,500万円控除」という制度があります。これは、住宅地の造成や再開発といった公益事業に協力して土地を売った場合に使える特例です。

控除額は最大1,500万円と大きく、600万円の売却であれば、実質的に非課税となるケースがほとんどであると考えられます。

例えば、取得費が不明で概算取得費（売却価格の5%）を使った場合、600万円−（30万円＋諸費用）で譲渡所得が大きく計算されがちです。

しかし、この控除が適用された場合「譲渡所得−1,500万円＜0円」となるため、課税譲渡所得はゼロになります。

適用できるかどうかは「その事業が国の基準をクリアしているか」にかかっています。後で「使えなかった」とならないよう、売却前に事業の認定状況を必ず確認してください。

土地売却にかかる税金以外の諸費用・手数料

税金以外にも、いくつかの「諸費用」がかかります。そのため、600万円で土地が売れたとしても、手元に全額残るわけではありません。

ここでは、特に発生しやすい4つの費用について解説します。

仲介手数料｜600万円取引の上限額は26万4,000円（税込）

仲介手数料は、不動産会社に売却を依頼し、売買が成立した際に支払う成功報酬です。

宅地建物取引業法により上限が定められており、売買価格が400万円を超える場合は「売却価格×3%+6万円」に消費税を加えた金額が上限となります。

600万円で売却した場合、（600万円×3%+6万円）×1.1＝26万4,000円（税込）が上限です。

この金額は全額を譲渡費用として差し引けるため、譲渡所得を26万4,000円圧縮し、その分だけ税金を減らせます。

必ずしも33万円を支払う必要はありませんが、媒介契約を結ぶ前に金額を確認することが大切です。
仲介手数料は、売却に直接かかった費用として全額を譲渡費用に含められます。

司法書士報酬｜登記手続き代行で1万円〜3万円程度

売却時に意外と忘れがちなのが、司法書士への依頼費用です。「抵当権抹消」や登記簿上の「住所変更」が必要な場合、専門家への報酬が発生します。

金額の目安は、1案件につき1〜2万円程度です。複数をまとめて依頼する場合は、トータルで2〜3万円程度になるケースが多いです。

なお、所有権移転（名義変更）の登記費用は原則として買主負担です。しかし、抵当権抹消や住所変更など売主側の事情による登記は売主負担となります。

重要なのは、これらの報酬も「譲渡費用」として売却益から差し引けるという点です。基本的には引き渡し日にまとめて支払う形になりますので、諸費用の一部として予算に組み込んでおきましょう。

測量費用｜境界確定が必要な場合は30万円〜50万円

お隣との境界線が曖昧な場合、避けて通れないのが「境界確定測量」です。これは土地家屋調査士に依頼する正式な測量で、費用は売主の負担が一般的です。

相場は30〜50万円ほどですが、道路（公有地）との境界確認が絡むと、さらに金額が跳ね上がります。

600万円の売却でこの出費は大きいと感じる方が多いです。しかし、境界が確定しないと「そもそも契約できない」というケースも少なくありません。

結果的に税金を減らす材料になりますので、高い測量費を払った証明として、領収書は確定申告まで大切に保管しておいてください。

解体費用｜古家付き土地を更地渡しにする場合は100万円〜

古家付きの土地を更地にして売る場合、解体費用は売主様の負担となります。

木造なら坪3〜5万円が相場と言われますが、最近はアスベスト規制や処分費の高騰で、30坪の家でも100万〜200万円かかるケースもあります。

600万円で売れたとしても、そこから100万円以上が出ていくのはかなり痛手です。

しかし、売却のために行った解体では、その費用を「譲渡費用」として全額経費にできます。

特に、土地の取得費（買ったときの値段）が分からない場合、この解体費を経費計上できるかどうかが、最終的な税額を大きく左右します。領収書は絶対に捨てないでください。

600万円の土地売却後に確定申告が必要な人・不要な人

土地を売却したあと、「自分は確定申告が必要なのか」は多くの人が迷うポイントです。

ここでは、600万円で土地を売却した場合を前提に、確定申告が必要な人と不要な人を3つのケースに分けて整理します。

利益（譲渡所得）が発生した人は翌年の確定申告が必須

土地売却で確定申告が必要になるのは、譲渡所得がプラスになった場合です。

譲渡所得は、次の計算式で求めます。

この結果が1円でも黒字の場合は、利益の大小にかかわらず確定申告が必要です。
たとえば600万円で土地を売却し、最終的な利益が1万円だったとしても申告義務は免れません。

申告期間は、売却した年の翌年2月16日から3月15日までです。期限を過ぎると、無申告加算税や延滞税が課される場合があります。

まずは取得費や経費を整理し、利益が出るかどうかを確認しましょう。

特例や控除を使って税金を0円にする場合も申告義務がある

特別控除を使った結果、税金が0円になる場合でも、確定申告は省略できません。

居住用財産の3,000万円特別控除などの制度は、申告自体が適用条件だからです。

「税金がかからないなら申告しなくていい」と判断してしまうと税務署からは特例を使っていないものとして扱われ、後日あらためて税金を請求されます。

600万円の売却では、特例を使えば税額がゼロになる可能性があります。

ただし、節税は申告まで完了して初めて成立し、特例を使う場合は必ず確定申告まで行う必要があると覚えておきましょう。

売却損（譲渡損失）が出た場合は申告義務はない

譲渡所得がマイナスになり、売却で損失が出たのであれば、原則として確定申告の義務はありません。

課税対象となる所得が発生していないため、申告しなくても問題は生じません。

ただし、「申告すれば得になるケース」があるため注意が必要です。

マイホームの売却で損失が出た場合など、一定の条件を満たせば、その損失を給与所得などと相殺できる特例があります。

この場合は、損失が出ていても確定申告が必要です。売却で赤字になったときこそ、一度は特例の対象になるか確認しておくと安心です。

まとめ

600万円で土地を売った際、かかる税金を左右するのは「利益（譲渡所得）の有無」と「所有期間」です。

印紙税や登録免許税は数千円ほどで済みますが、売却益にかかる税率は注意が必要です。5年超の「長期」なら20.315%ですが、5年以下の「短期」だと39.63%と、約2倍もの差が開いてしまいます。

古い契約書が一枚あるだけで数十万円単位の節税になることもあるため、資料の有無は徹底的に確認してください。

また、マイホームの敷地は「3,000万円特別控除」で税金をゼロにできる可能性が高いですが、この特例を受けるには確定申告が欠かせません。

「税金がかからないから申告もしなくていい」と勘違いして、特例を逃さないよう注意が必要です。事前にしっかりシミュレーションをして、損をしない準備を進めましょう。