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土地売却にかかる税金はいくら?|シミュレーションや節税のコツも解説

土地売却では、譲渡所得税・印紙税・登録免許税といった複数の税金が関係し、それぞれ計算方法や負担の考え方が異なります。事前に仕組みを理解して、課税されないケースや税金を安く抑える方法も把握しておくことが大切です。

本記事では、土地売却にかかる税金の種類と計算方法を整理し、シミュレーションを交えながら税額の目安をわかりやすく解説します。

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土地売却の3つの税金と計算方法

土地を売却した際にかかる税金は、主に3種類あります。税金によって仕組みや計算方法が異なるので、それぞれ確認しておきましょう。

なお、以下のような場合は土地を売却しても税金がかからないことがあります。

税金がかからないケース ポイント
売却損が出た場合 ・売却価格が「取得費+譲渡費用」を下回ると譲渡所得税はかからない
・他の所得との損益通算は不可のため、所得税・住民税の還付はなし
特別控除を適用してゼロになった場合 ・3,000万円特別控除などの適用で課税譲渡所得がゼロ以下になれば税金はかからない
・特例適用の場合、税金ゼロでも確定申告は必須

1. 譲渡所得税(所得税・住民税・復興特別所得税)

特徴 ・譲渡所得税とは、土地を売って利益(譲渡所得)が出た場合にかかる税金のこと
・所得税・住民税・復興特別所得税の3つの税金が含まれている
計算方法 譲渡所得 = 売却価格 − 取得費 − 譲渡費用

譲渡所得の計算に用いる取得費とは、土地の購入代金や購入時にかかった費用で、譲渡費用とは売却のために直接かかった費用のことです。

取得費の例 譲渡費用の例
・不動産の購入代金
・購入時の仲介手数料
・登記費用
・不動産取得税
・測量費、整地費
・売却時の仲介手数料
・印紙税
・測量費
・建物の解体費

譲渡所得税の税率は、不動産の所有期間によって異なります。ポイントは、所有期間を「購入日〜売却日」ではなく、売却した年の1月1日時点で判断する点です。1月1日時点で5年を超えていれば「長期譲渡所得」、5年以下であれば「短期譲渡所得」として区分されます。

区分 所有期間 所得税(復興特別所得税を含む) 住民税 合計税率
短期譲渡所得 5年以下 30.63% 9% 39.63%
長期譲渡所得 5年超 15.315% 5% 20.315%

譲渡所得税の計算においては、主に次の3点に注意してください。

よくある間違い アドバイス
所有期間を「購入日〜売却日」で計算してしまう 所有期間は、売却した年の1月1日時点で判断しましょう。
取得費の計上漏れ 取得費には購入代金だけでなく、購入時の仲介手数料・登記費用・不動産取得税なども取得費に含められます。
得費が不明なまま5%ルールをすぐ適用してしまう 実際の取得費が5%を上回るケースは多く、よく調べずに5%ルールを適用してしまうと税負担が重くなります。

所有期間は、たとえば2020年3月に購入した土地を2025年2月に売却した場合、2025年1月1日時点の所有期間は4年10ヶ月となり「短期(39.63%)」が適用されます。この場合、長期扱いにするには年をまたいで2026年以降の売却が必要です。

また、取得費の計上漏れがある場合、課税対象が不必要に膨らみますので、領収書や契約書は、売却前に確認・整理しておきましょう。

取得費が不明な場合も含め、申請前に必ず以下の書類で実額を調べてから、税理士に相談するのがおすすめです。

  • 購入時の売買契約書・領収書
  • 登記簿謄本
  • 被相続人の通帳履歴
  • 固定資産税の課税明細書

2. 印紙税

特徴 ・印紙税とは、土地の売買契約書を作成する際に課される税金のこと
・契約書に収入印紙を貼付して納税する
計算方法 売買金額に応じて決まった額を支払う

売買金額に応じた金額の一例は、以下のとおりです。

契約金額 税額 令和9年3月31日までの軽減措置
100万円超500万円以下 2,000円 1,000円
500万円超1,000万円以下 1万円 5,000円
1,000万円超5,000万円以下 2万円 1万円
5,000万円超1億円以下 6万円 3万円

売買契約書は通常2通作成し、売主・買主がそれぞれ1通ずつ保管するため、印紙税は双方が各自の契約書分を負担するのが一般的です。なお、令和9年3月31日まで軽減税率が適用されており、通常よりも税額が低くなっています。

印紙税においては、主に次の2点に注意してください。

よくあるトラブル ポイント
印紙の貼り忘れ ・貼り忘れた場合、印紙税額の3倍に相当する過怠税が徴収される
・契約書への捺印・署名と同じタイミングで必ず確認する
電子契約書なら印紙税不要 ・電子契約で締結した場合、印紙税は課税されない
・買主・仲介会社が電子契約に対応しているか事前に確認しておくと節税になる場合がある

収入印紙自体は不動産会社が用意してくれるケースも多いので、必要な金額と持参すべきかを事前に確認しておきましょう。

3. 登録免許税

特徴 ・登録免許税とは、不動産の登記手続きを行う際に国へ納める税金のこと
・登記の種類によって買主・売主のどちらが負担するかが異なる
計算方法 登記の種類によって異なる

土地を売却する場合、買主へ名義を移す「所有権移転登記」が必要で、一般的に買主が負担します。

一方、住宅ローンが残っている場合は抵当権を抹消する必要があり、この抹消登記にかかる登録免許税は、売主の負担になります。

相続登記が未完了の場合は売主側にも登記費用が発生するため、事前に確認しておきましょう。

登記の種類 負担者 税率 備考
所有権移転登記(売買) 買主 固定資産税評価額 × 1.5% 令和9年3月31日までの軽減税率(通常2.0%)
抵当権抹消登記 売主 不動産1件につき1,000円 住宅ローン残債がある場合に必要
相続登記(未了の場合) 売主 固定資産税評価額 × 0.4% 相続登記が完了していない場合、売却前に必要

登録免許税においては、主に次の2点に注意してください。

よくある見落とし ポイント
住宅ローン完済済みでも抵当権が残っているケース ・ローンを完済しても抵当権抹消登記を行っていない場合、登記簿上に抵当権が残ったままになる
・売却前に登記簿謄本を確認し、抵当権が残っている場合は司法書士に依頼して抹消登記を行う
相続登記の義務化 ・2024年4月から相続登記が義務化
・登記が未了の場合は売却できないため、売却前に必ず完了させる
・相続登記にかかる費用(固定資産税評価額×0.4%)は売主負担

いずれも売却手続きが滞る原因になりやすい点です。売却を検討し始めた段階で、登記簿謄本を取得して現状を確認しておくことをおすすめします。

土地を売却した際の税金シミュレーション

ここでは、3つの代表的なケースを使って、実際の税金がどのくらいになるのかをシミュレーションします。条件の違いによって、税額がどう変わるかを比較してみましょう。

【ケース1】長期保有(5年超)の土地を売却する場合

購入から5年を超えて保有している土地を売却する場合、長期譲渡所得の税率(20.315%)が適用されるため、短期に比べて税負担が大幅に軽くなります。

条件

  • 売却価格:4,000万円
  • 取得費:2,500万円
  • 譲渡費用:150万円
  • 所有期間:8年(長期)
計算項目 金額
売却価格 4,000万円
取得費 2,500万円
譲渡費用 150万円
譲渡所得 1,350万円
税額(長期20.315%) 約274万円
手取り額 約3,576万円

所有期間は売却した年の1月1日時点で判断され、長期保有であれば、1,350万円の利益に対する税額は約274万円となります。

もし現在の所有期間が「4年10ヶ月」など5年に近い場合は、少し時期をずらすだけで「長期」扱いになる可能性があります。売り急ぐ前に必ず所有期間を確認しましょう。

また、取得費には購入代金だけでなく、購入時の仲介手数料・登記費用・不動産取得税なども含められます。これらを計上し忘れると譲渡所得が膨らみ、税額が数十万円単位で増えることもあります。古い契約書や領収書は事前に整理しておきましょう。

【ケース2】短期保有(5年以内)の土地を売却する場合

購入から5年以内に土地を売却する場合、短期譲渡所得の税率(39.63%)が適用されます。ケース1と同じ条件で比較してみましょう。

条件

  • 売却価格:4,000万円
  • 取得費:2,500万円
  • 譲渡費用:150万円
  • 所有期間:3年(短期)
計算項目 金額
売却価格 4,000万円
取得費 2,500万円
譲渡費用 150万円
譲渡所得 1,350万円
税額(短期39.63%) 約535万円
手取り額 約3,315万円

同じ利益でも、短期と長期では税額に約261万円もの差が生じます。

「どうせ売るなら早い方がいい」と焦って売却し、後から「あと数ヶ月待てば長期になったのに…」と後悔する人もいます。

売却を検討し始めたタイミングで、まず所有期間が5年を超えるのがいつかを確認してみましょう。どうしても短期での売却が避けられない場合は、譲渡費用をできる限り正確に計上することが重要です。

【ケース3】相続した土地を売却する場合(取得費が不明)

相続した土地を売却する場合でも、譲渡所得税の計算方法は基本的に同じです。ただし、所有期間の考え方と取得費の扱いに相続特有のルールがあるため注意が必要です。

取得費が不明の場合は「概算取得費」として売却価格の5%を取得費に充てる「5%ルール」が適用されます。

【相続した土地の基本ルール】

項目 ポイント
所有期間の起算日 ・「相続した日」ではなく「被相続人が取得した日」から計算
・例えば、親が30年前に購入した土地は、相続翌年に売却しても「長期(20.315%)」に該当
取得費の原則 ・被相続人が実際に購入した金額をそのまま引き継ぐ
・不明の場合は概算取得費として売却価格の5%を適用
売却タイミングの注意 ・相続発生から3年以内かどうかで使える特例が変わる

シミュレーションの条件

  • 売却価格:4,000万円
  • 取得費:不明(5%ルール適用)
  • 譲渡費用:150万円(仲介手数料等)
計算項目 金額
売却価格 4,000万円
概算取得費(5%) 200万円
譲渡費用 150万円
譲渡所得 3,650万円
税額(長期 20.315%) 約741万円
手取り額 約3,109万円

取得費が不明だと課税対象が大きくなり、税負担が重くなりやすいことがわかります。5%ルールを適用すると、ケース1(取得費が判明している場合)と比べて税額が約467万円も高くなります。

「取得費が不明だから仕方ない」と諦める前に、以下の書類で実額を調べてみましょう。

取得費が調べられる書類

  • 購入時の売買契約書・領収書(被相続人の書類を確認)
  • 登記簿謄本(取得時期の確認に使える)
  • 被相続人の通帳履歴(購入時の入出金記録)
  • 固定資産税の課税明細書

また、相続した土地の売却には以下の2つの節税特例があり、適用できれば税額を大幅に圧縮できます。

特例 概要
取得費加算の特例 支払った相続税の一部を取得費に加算できる
空き家の3,000万円特別控除 譲渡所得から最大3,000万円を控除できる

たとえば、3,000万円特別控除が適用できれば、本ケースでは課税譲渡所得が「3,650万円→650万円」となり、税額は約132万円まで下がる可能性があります。

いずれも期限や要件が細かく、相続人が複数いる場合は特例の適用要件や確定申告の手続きが各相続人ごとに必要です。そのため、売却を決める前に税理士・司法書士に相談して適用可否や手続きを確認しておくことが重要です。

土地売却時の税金を安くする方法

土地売却にかかる税金は、正しい知識と事前準備によって合法的に抑えられます。代表的な3つの方法を紹介します。

1. 取得費・譲渡費用を漏れなく計上して課税額を下げる

税負担を抑えるうえで、基本的かつ確実な方法が「取得費と譲渡費用を漏れなく計上すること」です。「大体でいいか」と計上を省いてしまうと、課税対象の譲渡所得が不必要に膨らみ、税負担が数十万円単位で増えることもあります。

領収書や契約書を売却前に整理しておくだけで、税額が大きく変わる可能性があります。

2. 使える特例・控除を事前に確認する

土地売却に関する特例・控除は複数あり、適用要件を満たしているかどうかで税額が大きく変わります。主な特例・控除は以下のとおりです。

特例・控除 概要 主な適用要件
取得費加算の特例 相続税の一部を取得費に加算し、譲渡所得を圧縮できる 相続税を支払っていること/相続税申告期限の翌日から3年以内に売却
相続した空き家の3,000万円特別控除 譲渡所得から最大3,000万円を控除できる 被相続人が一人居住/1981年5月31日以前築/区分所有建物以外/相続後も空き家のまま売却(建物を解体して更地で売却する場合も対象)/2027年12月31日までが期限
譲渡損失の損益通算・繰越控除 居住用財産の売却で損失が出た場合、給与所得など他の所得と損益通算できる(最大3年繰越可) 居住用財産であること/売却年の1月1日時点で所有期間5年超

※令和8年3月時点。売却を検討する際に必ず税理士に相談してください。

なお、複数の特例を同時に適用できないケースもあります。どの特例が最も有利かは個別の状況によって異なるため、売却を決める前の段階で税理士に相談し、適用できる特例を洗い出しておくことが大切です。

3. 所有期間を意識して売り時を見極める

所有期間が5年を超えると、税率が約半分になります。たとえば所有4年10ヶ月の段階では短期(39.63%)ですが、あと数ヶ月待って5年超にすれば長期(20.315%)が適用されます。

売却金額によっては、この数ヶ月の差だけで税額が数百万円単位で変わります。

シミュレーション

条件:売却価格4,000万円/取得費2,500万円/譲渡費用150万円/譲渡所得1,350万円

今すぐ売却
(所有4年10ヶ月・短期)
2ヶ月待って売却
(所有5年超・長期)
適用税率 39.63% 20.315%
税額 約535万円 約274万円
手取り額 約3,315万円 約3,576万円
差額 約261万円お得

「早く売りたい」という気持ちはあっても、所有期間の境目が近い場合は、待つことによる節税メリットを数字で確認してから決断するのがおすすめです。

まとめ

土地売却にかかる税金には、譲渡所得税・印紙税・登録免許税があります。課される税額は「所有期間」「取得費」「適用できる特例」によって大きく変わります。特に譲渡所得税は、所有期間が短期か長期かの違いだけでも税率が大きく異なり、数百万円単位で手取り額に差が出るので注意が必要です。

売却を検討する際は、まず自分のケースでどの税率が適用されるのかを確認し、取得費や譲渡費用を正確に把握しておきましょう。そのうえで、利用できる特例や控除がないかを事前に整理しておくことで、無駄な税負担を避けられます。

判断に迷う場合や条件が複雑な場合は、早い段階で税理士に相談しておくと安心です。売却後に後悔しないためにも、税金の仕組みを正しく理解したうえで計画的に進めましょう。

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